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Oxford Nanopore開發(fā)連接智能的納米孔測序儀

訊

牛津納米孔技術(shù)公司透露，正在開發(fā)一種連接智能使用的納米孔傳感器，用于DNA測序和其他應(yīng)用中。公司還對其他研發(fā)中的新產(chǎn)品進行了介紹。另外，該公司成立了一家分公司，名為GenomeFoundry，關(guān)注合成生物學的應(yīng)用。

開發(fā)連接智能使用的納米孔儀器SmidgIon

公司首席技術(shù)官CliveBrown透露，這款新型納米孔儀器稱作SmidgIon，正處于早期研發(fā)階段，預(yù)計在2017年末可以投入使用。該產(chǎn)品同樣將使用應(yīng)用于MinIon和PromethIon儀器的核心納米孔傳感技術(shù)，但是該儀器將比MinIon更小，每個flowcell中有256個channel，可以連接到智能上或者其他低功率儀器上，用于感應(yīng)DNA、RNA或蛋白質(zhì)。

據(jù)公司透露，SmidgIon可應(yīng)用于更加廣泛的領(lǐng)域，包括疾病爆發(fā)中的病原體監(jiān)測，分析環(huán)境樣本或者農(nóng)業(yè)樣本，對于野生動植物或木材進行實時物種鑒定。

其他正在開發(fā)中的產(chǎn)品

Brown說，另一個處于早期研發(fā)階段的產(chǎn)品稱作ProjectZumbador，該產(chǎn)品將生物學樣本的核酸提取和文庫制備結(jié)合但是每種制品所要求的材料特性不1到一個設(shè)備中，將在第三季度發(fā)布。

公司同時還在研發(fā)MinIon和PromethIon上直接進行RNA測序的kits，這項產(chǎn)品計劃在接下來的幾個月內(nèi)提供給。公司表示，該產(chǎn)品可利用adapter和馬達蛋白控制RNA移位，指導(dǎo)RNA進入納米孔。Oxford使用這種方法已經(jīng)對來自人類鼻病毒的RNA進行了測序，并表示直接進行RNA測序可以檢測到RNA上的甲基化修飾。

另外一個產(chǎn)品VolTrax是一款樣本制備儀器，將在今年秋天提前供應(yīng)給目前使用Oxford納米孔測序平臺的客戶。公司表示，便于操縱首批發(fā)布的儀器VolTrax將依附在一個小型USB儀器上，然后附著于MioIon或者PromethIon儀器上。

OxfordNanopore同樣還計劃不久后實現(xiàn)進口下滑其實不意味著國外裝備使用率降落MinKonw平臺堿基識別軟件的本地使用。

臺PromethIon近期已經(jīng)出貨

Brown說，臺PromethIon近期已經(jīng)出貨給客戶了，他還展示了該平臺的一些內(nèi)部數(shù)據(jù)，共使用了48個flowcell，每個flowcell中含有3000個channel。使用R9試劑，每個納米孔每秒測序250個堿基，準確率和小孔利用率都與MinIon一致。該系統(tǒng)目前的性能是運行48小時產(chǎn)生6.2Tb數(shù)據(jù)，將來會進一步增加至12.4Tb。根據(jù)Brown的報告，公司目前正在調(diào)試軟件用于控制大型數(shù)據(jù)集的堿基實時識別，優(yōu)化芯片表面化學試劑以及生產(chǎn)流程，并開發(fā)一種快速的堿基識別程序。

全部使用新型納米孔R9

除此之外，Brown表示，OxfordNanopore已經(jīng)不再出售R7納米孔的flowcell，現(xiàn)在已經(jīng)全部替換成R9納米孔的flowcell，R9即CsgG，近得到比利時VIB研究所和倫敦大學學院授權(quán)。Brown補充道，新型的flowcell還整合了堅固的膜和一個更新的解旋酶馬達蛋白。公司使用新的flowcell測序得到的長讀長為500kb，目前主要關(guān)注于提升通量和同聚物識別能力。

公司在一份聲明中指出，R9系統(tǒng)具有更高的準確率，尤其是對于1Dreads，這種reads僅讀取DNA的一條鏈。新型堿基識別軟件不同于以往的隱馬爾可夫模型，它是基于神經(jīng)絡(luò)模型，進一步提升了準確率。R9型flowcell測序時，每個納米孔每秒測序250個堿基，而R7型每秒多測定70個堿基，因此公司表示換用R9型flowcell后MinIon將產(chǎn)出更多的數(shù)據(jù)。Brown說，目前1Dreads的準確率為90，2Dreads準確率為95。

與R9型flowcell配套，公司正在推出一種快速測序kit。用該kit建庫只需要10分鐘，而且使用的耗材比以前更少，MinIon運行開始后馬上進行數(shù)據(jù)分析。公司聲明中表示，目前許多早期客戶正在測試這款快速測序kit，它將很快推出市場。

成立分公司GenomeFoundry

Brown后提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry，該公司旨在開發(fā)一種用于合成生物學的MinIon，使用專有的、非亞磷酰胺的DNA合成試劑。公司的目的是為了使用類似于VolTrax的儀器開發(fā)長鏈DNA分子。